@L0lyna : je rejoins les commentaires précédents. A ta place, je ne préciserais pas que je suis athée en répondant à l'annonce. Cela viendra pour l'entretien.
Par contre, si l'organisation est connue (ou si tout simplement le mot chrétien apparait dans le nom de l'organisation), je suis de l'avis de ta copine. Il faut être conscient que cela donne une certaine couleur à ton CV. Si un recruteur a une mauvaise image de la religion en général, ça pourrait éliminer ton CV, ou bien en faisant des raccourcis faciles, il pourra supposer que tu es chrétienne pratiquante et t'associer aux clichés négatifs qu'il peut y avoir autour.
Je pense quand même que tu devrais postuler, surtout si c'est dans ton domaine et que l'annonce te plait. Tu pourras toujours ruser en mettant "nom du poste dans une organisation caritative" sur ton CV.