@Chocapiix Quelques éléments de réponses à tes incompréhensions sans qu'ils soient la vérité unique ! Et je suis une partisane du train aussi !
Pour le Fret, parce que se pose toujours la question du dernier kilomètre, que toutes les marchandises ne sont pas adaptées aux trains, qu'il y a des contraintes de stockage et de partage des voies, même si il y en a certaines réservées au fret (je crois), souvent les voyageurs sont prioritaires sur les marchandises, du coup ça fait moins de créneaux pour circuler, les trains de fret allant aussi moins vite. (ce ne sont que des pistes d'explications)
Pour les TER, si tu as vu des différences selon les régions, c'est justement parce que le TER c'est un transport régional, et donc l'autorité organisatrice du transport c'est la Région. Ce n'est pas la SNCF qui décide de changer les rames, mais bien les régions (pour schématiser).
Pour les deux wagons laissés en gare, là j'avoue que je ne sais pas... la seule explication que je vois, ça peut être parce que une des gares desservies n'avait pas de quais assez long pour supporter deux wagons de plus. Ca arrive avec des petites gares parfois. Mais encore, aucune certitude, ça se trouve c'est complétement autre chose.
Après sur les places numérotées qui nécessitent de fait des réservations, je ne sais pas comment la politique des réservations est menée...
J'espère que ça a pu t'éclairer sur certains points, même si je suis bien d'accord que c'est pas parce que on peut expliquer que ça justifie les situations.